El Tribunal Supremo (TS), en su sentencia de 23 de julio de 2026, ha confirmado que la Administración tributaria puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos cuyo derecho a liquidar ha prescrito, siempre que dichos saldos se apliquen en períodos posteriores que todavía no hayan prescrito.
El pronunciamiento delimita el alcance de las facultades de comprobación de Hacienda y distingue entre la prescripción del derecho a liquidar una deuda tributaria y la posibilidad de verificar créditos fiscales que continúan produciendo efectos en ejercicios posteriores.
La prescripción no impide comprobar el origen del crédito fiscal
El TS diferencia entre el derecho de la Administración a liquidar una deuda tributaria, sujeto a su correspondiente plazo de prescripción, y la potestad de comprobar determinados elementos tributarios que tienen incidencia en períodos posteriores.
Así, aunque Hacienda no puede volver a liquidar un período prescrito, sí puede verificar el origen y la cuantía de los saldos de IVA pendientes de compensación que procedan de dicho período y que se hayan aplicado en otro todavía abierto a comprobación.
El Tribunal considera que estos saldos constituyen, en esencia, créditos fiscales que mantienen efectos tributarios en períodos posteriores. Por ello, quedan sujetos a las facultades de comprobación de la Administración, con independencia de la denominación que reciban en la normativa específica del impuesto.
Efectos de una compensación improcedente
La sentencia también aclara las consecuencias de una eventual comprobación desfavorable para el contribuyente. Si Hacienda determina que el saldo compensado no era correcto, no podrá liquidar ni imponer sanciones por el período prescrito en el que se originó. Sin embargo, sí podrá reducir el importe pendiente de compensación en el período posterior no prescrito en el que se haya aplicado.
Esta facultad de comprobación está sujeta al límite temporal de diez años previsto en el artículo 66 bis.2 de la Ley General Tributaria.
Implicaciones para las empresas
El criterio resulta relevante para las empresas que mantienen saldos de IVA pendientes de compensación durante varios ejercicios. La prescripción del período en el que se generó el crédito no garantiza que su importe quede fuera de cualquier revisión posterior.
Por ello, resulta fundamental conservar la documentación justificativa del origen y la cuantía de estos saldos, así como verificar su correcta aplicación en las autoliquidaciones posteriores, teniendo en cuenta los límites temporales establecidos legalmente.